Le bassin versant du Chéran est en grande partie inclus dans le périmètre du Parc Naturel Régional du Massif des Bauges (PNRMB), à l’exception du secteur de la Néphaz, qui en est exclu. Ce territoire bénéficie également du label Géoparc Mondial UNESCO, dont le périmètre coïncide avec celui du PNRMB. Par ailleurs, une Réserve Nationale de Chasse et de Faune Sauvage est présente sur le haut bassin versant du Chéran.
Ce bassin versant comprend une multitude de zonages de reconnaissance pour ses milieux naturels, qu’ils soient aquatiques ou terrestres. On y recense de nombreuses ZNIEFF de type 1 (15) et 2 (6), trois sites Natura 2000 [zones humides de l’Albanais (Directive Habitat-Faune-Flore) / Hautes-Bauges (Directive Habitat-Faune-Flore et Oiseaux) / Mont Colombier (Directive Habitat-Faune-Flore et Oiseaux)] et une ENS en construction porté par Grand Annecy : ENS des Gorges du Chéran.
Le bassin versant du Chéran présente une topographie accidentée, un profil en travers en V très escarpé et une pente importante. Naturellement, dans ces conditions, peu de zones humides sont présentes au sein du lit majeur du cours d’eau. Toutefois, les cours d’eau gardent un bon degré de connectivité avec les quelques zones humides présentes (tourbières et affluents). On peut noter la présence de nombreuses tufières également.
La plaine de la Compôte/École et le site des Îles du Chéran, situé à la confluence avec le Nant d’Aillon constituaient en 1969 les deux plus vastes plaines alluviales encore intactes et naturelles du Chéran. Entre 1970 et 1995, ces secteurs ont été fortement exploités pour l’extraction de matériaux, tant dans le lit mineur que majeur du Chéran. Au total, environ 1 350 000 m³ de graviers ont été extraits durant cette période, soit l’équivalent de 110 années de production annuelle du Chéran. Cette surexploitation a entraîné une déstabilisation importante du lit de la rivière, des désordres morphologiques et un impact notable sur le transit sédimentaire, ainsi que des conséquences sur la thermie du cours d’eau.
Face à cette profonde déstabilisation, les élus locaux ont choisi de s’engager dans l’élaboration d’un contrat de rivière pour le Chéran. à partir de 1997. Des travaux de renaturation menés entre 2010 et 2012 ont permis de restaurer partiellement la morphologie en tresses, avec un indice de tressage proche de celui observé avant 1969 (campagne de suivi des travaux de renaturation du Chéran – SINBIO 2015).
Depuis 2024, en collaboration avec le bureau d’études BIOTEC, le SMIAC poursuit une démarche de renaturation plus ambitieuse sur le site des Îles du Chéran, notamment autour du plan d’eau du Châtelard et du lit du Chéran. L’objectif est de redonner à la rivière un espace de mobilité plus large dans son lit majeur, de disperser l’énergie des crues, et de réduire la pression exercée sur les digues.
Les relevés faunistiques et floristiques réalisés sur le bassin versant du Chéran font état de nombreuses espèces de grand intérêt écologique :
- L’écrevisse à pattes blanches (Austropotamobius pallipes)
- L’ombre commun (Thymallus thymallus)
- Le sonneur à ventre jaune (Bombina variegata)
- La truite fario (Salmo trutta)
- Le cincle plongeur (Cinclus cinclus)
- La salamandre tachetée (Salamandra salamandra)