Elle a pour mission d’accompagner les gestionnaires des Sites Rivières Sauvages pour l’obtention du Label, pour la mise en œuvre de leur programme de préservation et de restauration des cours d’eau, pour la gestion des usages et la valorisation des activités de leur vallée.
Son action à l’échelle nationale, régionale et locale permet de fédérer les acteurs publics et privés au sein d’un Réseau de sites naturels exceptionnels. Elle apporte des outils techniques, financiers et de communication adaptés au travers de ce réseau qu’elle anime. Elle engage des études et programmes de recherches innovants afin d’améliorer les connaissances sur ces milieux d’exception.
Enfin, des actions envers le grand public et le programme pédagogique « Graines de Rivières Sauvages » permettent aux citoyens habitant sur les bassins de Site Rivières Sauvages de mieux s’approprier ce concept et d’en devenir de véritables ambassadeurs.