Le Bonjon est un cours d’eau d’environ 19 kilomètres du nord-est cantalien qui prend sa source sur les Monts du Cézallier dans le Puy-de-Dôme, à 1460 mètres d’altitude. Affluent en rive gauche de la Grande- Rhue (confluence située au niveau de Condat à 700 mètres d’altitude), le Bonjon est un sous-affluent de la Dordogne. Son bassin versant s’étend sur 46 km².

La partie amont du bassin versant est constituée d’un complexe volcanique avec alternance de différents types de laves. Plus particulièrement, une  alternance de laves basaltes, basanites, de scories (les scories sont des fragments de lave poreuse, c’est une roche très légère) et de pyroclastites de
maar (roches constituées par l’agglomération de débris de laves) est retrouvée en tête de bassin. À hauteur de la cascade du Saillant, sur la commune de Marcenat, une rupture géologique est observable.

De la cascade et jusqu’à la confluence, le Bonjon traverse le socle métamorphique et granitique. C’est également à ce niveau que le cours d’eau rentre dans les gorges sur environ 10 kilomètres. Plusieurs cascades se succèdent le long du linéaire. Le secteur de gorges est peu accessible.

S’en suit un secteur de plaine d’environ 5 kilomètres, jusqu’à la confluence avec la Grande-Rhue, au niveau de Condat.

Le bassin versant du Bonjon est concerné par un climat montagnard. Ce climat se caractérise par des températures qui diminuent quand l’altitude augmente. En moyenne, la température baisse de 0,5° C à 1° C tous les 100 mètres d’altitude. L’ensoleillement varie d’un versant à l’autre. Les versants exposés au nord (ubac) sont plus froids que les versant exposé au sud (adret).

Concernant le régime pluviométrique, le cumul habituellement mesuré est en moyenne 1201mm. Les pluies sont mieux réparties tout au long de l’année.
Le bassin du Bonjon connaît également des périodes d’enneigement parfois importantes, entre un mois (vers 800 mètres d’altitude) et trois mois (vers 1 200 mètres). Sur les sommets du massif Cantalien et du Sancy, la neige peut rester au sol jusqu’à 6 mois. Ces milieux subissent donc de nombreuses
périodes de gel-dégel durant l’hiver en raison du caractère océanique de la zone.

Le Bonjon est un cours d’eau à caractère torrentiel. D’après le rapport d’étude d’admissibilité réalisé en 2022, 250 mètres linéaires ont été recensés comme incisés au niveau des estives. Des travaux de reméandrage ont eu lieu en amont de la labellisation pour corriger cette altération. Des berges stabilisées se situent au niveau des ouvrages de franchissement du cours d’eau : 0,6% de la longueur totale du linéaire ont un espace de mobilité altéré. De plus, il n’y a pas sur ce cours d’eau de linéaire d’endiguement.

On recense deux ouvrages en travers du lit sur le Bonjon : au total, le nombre moyen d’ouvrage est seulement de
0,1/km. Il s’agit d’un passage busé pour un franchissement carrossable, situé sur la partie amont du bassin et en amont immédiat d’un infranchissable naturel (la cascade du Saillant). Ainsi que d’un ancien ouvrage maçonné aujourd’hui inutilisé qui n’impacte pas le cours d’eau car franchissable pour la faune piscicole.

Aucun court-circuitage du cours d’eau n’existe sur ce bassin.

La ripisylve du Bonjon est globalement dense sur les parties où elle est présente (aval de la cascade du Saillant).

Concernant la qualité de l’eau, le Bonjon est suivi depuis 2023 uniquement : les résultats montrent un cours d’eau en très bon état pour l’ensemble des paramètres physico-chimiques.

Il est labellisé au niveau 3, avec la note de 94,75/100.